Năm học 2009- 2010 được Bộ Giáo dục và Đào tạo xác định là năm học “Đổi mới quản lý và nâng cao chất lượng giáo dục”. Thực hiện chỉ đạo của Bộ, Trường Đại học Giao thông Vận tải đã tiến hành nhiều giải pháp để từng bước đổi mới công tác quản lý giáo dục nhằm nâng cao chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học, hoàn thành thắng lợi nhiệm vụ năm học.